Es dirigido por la Fundación Patagónica de Ciencias Naturales y fue inaugurado el 3 de marzo de 2008, constituyéndose en el primer museo creado por ley en la Provincia de Río Negro. La infraestructura del mismo abarca más de 1.800m2, lo que lo convierte en más grande de la provincia.

Ubicado en la Avenida Julio A. Roca 1250, se puede visitar de lunes a viernes de 8 a 20 hs, y los sábados, domingos y feriados de 17 a 20 hs.

Allí se pueden encontrar alrededor de 25.000 especímenes en las ramas de Paleontología, Geología y Biodiversidad; con sus doce colecciones en total, entre las que se encuentran especímenes osteológicos, ejemplares en alcohol 70%, insectos montados en alfileres entomológicos, ejemplares congelados y tejidos para análisis genéticos, entre otros atractivos.

Actualmente la colección cuenta con 25 holotipos designados de ejemplares fósiles, 119 ejemplares son paratipos en fósiles, y 8 ejemplares son paratipos en las colecciones biológicas.

La institución cuenta también con otras colecciones especiales como archivos que incluyen notas de campo, fotografías, y una biblioteca de libros y revistas especializadas en ciencias naturales con foco en el patrimonio natural y cultural de la norpatagonia.

El Museo Patagónico de Ciencias Naturales forma parte de la Red de Museos Provinciales que se encuentran bajo la órbita de la Secretaría de Cultura, dependiente del Ministerio de Desarrollo Humano, Deporte y Cultura.